Rośliny są zgrupowane zgodnie z naturalnymi zbiorowiskami i obszrami występowania na Ziemi.

Działalność naukowa ogrodu jest związana z prowadzeniem pełnej dokumentacji określającej źródła pochodzenia każdego taksonu, miejsca i terminu posadzenia oraz zabiegów pielęgnacyjnych. Rośliny są oznaczone etykietami z nazwą rodziny oraz nazwą naukową ( łacińską ) i polską, czego dokumentacją jest inwentarz alfabetyczny.



Wśród 5500 taksonów roślin naczyniowych pochodzących z różnych obszarów Ziemi, jest około 191 gatunków chronionych, są wśród nich rośliny wpisane do Polskiej Czerwonej Księgi Roślin (119 taksonów), nowej czerwonej listy roślin – 10 taksonów. 14 gatunków jest objętych Konwencją Berneńską ( Berno 19 X 1979, ratyfikacja PL 31 I 1996 ) – Carlina onopordifolia, Cochlearia polonica, Cochlearia tatrae, Cypripedium calceolus, Dendranthema zawadzkii, Dianthus nitidus, Erysimum pieninicum, Ligularia sibirica, Luronium natans, Marsilea quadrifolia, Pulsatilla patens, Pulsatilla slavica, Salvinia natans, Trapa natans.



W Ogrodzie są prowadzone obserwacje fenologiczne oraz ocena stopnia aklimatyzacji gatunków roślin obcego pochodzenia.

Z zasobów kolekcji coraz częściej korzystają ogrody botaniczne, arboreta i pracownicy naukowi wyższych uczelni. Ogród bierze udział w programie Globalnej Strategii Ochrony Świata Roślin ( Global Strategy for Plant Conservation ). Patronat naukowy nad Ogrodem sprawują botanicy Uniwersytetu Gdańskiego.